[{"model": "dashboard.pathogendescription", "pk": 4, "fields": {"pathogen": "RSV", "lead_text": "Las muestras se recolectan en las plantas de tratamiento ubicadas en diferentes partes el estado y se analizan en nuestro laboratorio en Chicago. Los resultados se publican y actualizan semanalmente. Los números en el eje Y representan los restos virales de SARS-CoV-2 en copia del gen/litro. Las fechas en el eje X son las fechas en que se recogieron las muestras.", "details": "

Interpretación de los resultados

Los datos de vigilancia de aguas residuales son "ruidosos," es decir, muy variables. Los virus son excretados por individuos infectados con diferentes niveles de intensidad y durante diferentes períodos de tiempo. Las muestras también se toman de fuentes (p.ej. plantas de tratamiento de aguas residuales) que están sujetas a diversos impactos ambientales, como fenómenos meteorológicos y actividad industrial. Por este motivo, nos centramos en las tendencias de aumento y disminución de los datos más que en medidas específicas. Un aumento significativo a lo largo del tiempo puede indicar que los casos están aumentando en una comunidad.

Los datos de vigilancia de aguas residuales deben interpretarse siempre junto con otras métricas de salud pública.

¿Por qué hay dos puntos de datos de colores diferentes?

Los puntos de datos de diferentes colores representan dos tipos diferentes de RSV, los tipos A y B. La Influenza A y B son los tipos más comunes de virus de la gripe que infectan a los seres humanos y causan epidemias estacionales, por lo que son importantes para la salud pública.

¿Qué significa la línea?

Como los datos de aguas residuales son muy variables, incluimos una curva que se ajusta a los datos para visualizar mejor los aumentos y las disminuciones. Para ello, "suavizamos" los datos mediante el método de suavizado de dispersión ponderado localmente (LOWESS), un análisis de regresión local. Este método es útil porque reduce la influencia de los valores atípicos de los datos (p.ej. lecturas de muestras que son mucho más altas o mucho más bajas que las otras muestras tomadas en el mismo sitio durante el mismo periodo de tiempo general). También incluimos intervalos de confianza del 95% alrededor de la línea de tendencia. Esto significa que estamos seguros al 95% de que la línea de tendencia real se encuentra dentro de los intervalos.

¿Cuál es la diferencia entre una escala logarítmica y lineal?

Una escala lineal utiliza una distancia igual entre pasos en el eje vertical, añadiendo un número constante para cada nuevo paso (p.ej. 1, 2, 3, 4 o 10, 20, 30, 40). Una escala logarítmica utiliza una distancia desigual entre pasos, multiplicando por un número constante cada nuevo paso. Típicamente, como hacemos aquí, este múltiplo es 10, por lo que el eje podría mostrar pasos a 1, 100, 1000, 10.000, etc.

Las escalas logarítmicas se utilizan para visualizar datos cuando el rango de valores mostrados es grande y cuando se visualizan datos durante un periodo de tiempo más largo. Los funcionarios de Salud Pública y los científicos suelen trabajar con datos en estas escalas, mientras que las escalas lineales son más familiares para el público.

Limitaciones de los datos

En la actualidad, investigadores siguen trabajando para comprender varias cuestiones científicas abiertas, entre ellas cómo utilizar los datos para determinar el número de personas enfermas. La variabilidad entre las distintas fuentes de aguas residuales, instalaciones de tratamiento, y comunidades, dificulta la interpretación de la concentración de copias (gc) del gen RSV A/B al número de personas infectadas en la comunidad. Sin embargo, una tendencia ascendente/descendente en copias de genes por litro (gc/litro) de RSV A/B generalmente sugiere una tendencia similar en el número de personas infectadas dentro de una comunidad dada.

Por razones similares relacionadas con la variabilidad de cada muestra, también se desaconseja comparar los datos de una ubicación con otra.

Metodología

Las muestras de aguas residuales se analizan utilizando el kit GT-Digital RSV Wastewater Surveillance Kit for the QIAcuity® Digital PCR system, que consta de un kit de reactivos moleculares que contienen una solución de ensayo y un control para la cuantificacion del virus respiratorio sincitial (RSV). Los resultados se presentan en copias de genes por litro (gc/L) de aguas residuales.

Referencias

Armbruster, D.A. et al., Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation, Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1, 2008

"}}, {"model": "dashboard.pathogendescription", "pk": 2, "fields": {"pathogen": "SARS-CoV-2", "lead_text": "Las muestras se recogen en plantas de tratamiento de todo el estado y se analizan en nuestro laboratorio de Chicago. Los resultados se publican y actualizan semanalmente. Los números en el eje Y representan los restos virales de SARS-CoV-2 en copia del gen/litro. Las fechas en el eje X son las fechas en que se recogieron las muestras.", "details": "

Interpretación de los resultados

Los datos de vigilancia de aguas residuales deben interpretarse siempre junto con otras métricas de salud pública.

¿Por qué hay dos puntos de datos de colores diferentes?

En febrero de 2022 hicimos un cambio en nuestros métodos de laboratorio para mejorar nuestra capacidad de detectar cantidades muy pequeñas del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales. Nuestro nuevo método aumenta la cantidad de virus que podemos extraer de cada muestra. Dado que aguas residuales no sólo contienen virus (productos químicos, restos de comida, jabones, desechos humanos, etc.), puede resultar difícil aislar los virus que buscamos. El nuevo método nos ayuda a conseguirlo.

Los datos generados con el método anterior no son directamente comparables con el nuevo método.

¿Qué significa la línea?

¿Cuál es la diferencia entre una escala logarítmica y lineal?

Limitaciones de los datos

En la actualidad, investigadores siguen trabajando para comprender varias cuestiones científicas abiertas, entre ellas cómo utilizar los datos para determinar el número de personas enfermas. La variabilidad entre las distintas fuentes de aguas residuales, instalaciones de tratamiento, y comunidades, dificulta la interpretación de la concentración de copias (gc) del gen SARS-CoV-2 al número de personas infectadas en la comunidad. Sin embargo, una tendencia ascendente/descendente en copias de genes por litro (gc/litro) de SARS-CoV-2 generalmente sugiere una tendencia similar en el número de personas infectadas dentro de una comunidad dada.

Por razones similares relacionadas con la variabilidad de cada muestra, también se desaconseja comparar los datos de una ubicación con otra.

Metodología

Las muestras aguas residuales se analizan mediante la reacción en cadena de la polimerasa digital (dPCR) para determinar la concentración del virus SARS-CoV-2 en una muestra. El gen de la proteína de la nucleocápside (N) del virus es el objetivo del ensayo molecular, y los resultados se expresan en copias del gen por litro (gc/L) de agua residual.

Referencias

"}}, {"model": "dashboard.pathogendescription", "pk": 6, "fields": {"pathogen": "Influenza-A", "lead_text": "Las muestras se recogen en plantas de tratamiento de todo el estado y se analizan en nuestro laboratorio de Chicago. Los resultados se publican y actualizan semanalmente. Los números del eje Y representan los residuos virales de Influenza A en copias gen/litro. Las fechas en el eje X son las fechas en que se recogieron las muestras.", "details": "

Interpretación de los resultados

Los datos de vigilancia de aguas residuales deben interpretarse siempre junto con otras métricas de salud pública.

¿Qué significa la línea?

¿Cuál es la diferencia entre logarítmica y lineal?

Limitaciones de los datos

En la actualidad, investigadores siguen trabajando para comprender varias cuestiones científicas abiertas, entre ellas cómo utilizar los datos para determinar el número de personas enfermas. La variabilidad entre las distintas fuentes de aguas residuales, instalaciones de tratamiento y comunidades, dificulta la interpretación de la concentración de copias (gc) del gen Influenza A al número de personas infectadas en la comunidad. Sin embargo, una tendencia ascendente/descendente en copias de genes por litro (gc/litro) de Influenza A generalmente sugiere una tendencia similar en el número de personas infectadas dentro de una comunidad dada.

Por razones similares relacionadas con la variabilidad de cada muestra, también se desaconseja comparar los datos de una ubicación con otra.

Metodología

Las muestas de aguas residuales se analizan utilizando el kit GT-Digital Influenza and SARS-CoV-2 Wastewater Surveillance Multiplex Assay Kit for the QIAcuity® Digital PCR System, que consta de un kit de reactivos moleculares que contiene todos los cebadores, sondas y controles para la vigilancia de la Influenza y el SARS-CoV-2 en aguas residuales. Los resultados se informan en copias de genes por litro (gc/L) de aguas residuales.

Referencias

Armbruster, D.A. et al., Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation, Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1, 2008

"}}, {"model": "dashboard.pathogendescription", "pk": 7, "fields": {"pathogen": "Influenza-B", "lead_text": "Las muestras se recogen en plantas de tratamiento de todo el estado y se analizan en nuestro laboratorio de Chicago. Los resultados se publican y actualizan semanalmente. Los números del eje Y representan los residuos virales de Influenza B en copias gen/litro. Las fechas en el eje X son las fechas en que se recogieron las muestras.", "details": "

Interpretación de los resultados

Los datos de vigilancia de aguas residuales deben interpretarse siempre junto con otras métricas de salud pública.

¿Qué significa la línea?

¿Cuál es la diferencia entre logarítmica y lineal?

Limitaciones de los datos

En la actualidad, investigadores siguen trabajando para comprender varias cuestiones científicas abiertas, entre ellas cómo utilizar los datos para determinar el número de personas enfermas. La variabilidad entre las distintas fuentes de aguas residuales, instalaciones de tratamiento y comunidades, dificulta la interpretación de la concentración de copias (gc) del gen Influenza B al número de personas infectadas en la comunidad. Sin embargo, una tendencia ascendente/descendente en copias de genes por litro (gc/litro) de Influenza B generalmente sugiere una tendencia similar en el número de personas infectadas dentro de una comunidad dada.

Por razones similares relacionadas con la variabilidad de cada muestra, también se desaconseja comparar los datos de una ubicación con otra.

Metodología

Referencias

Armbruster, D.A. et al., Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation, Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1, 2008

"}}, {"model": "dashboard.pathogendescription", "pk": 5, "fields": {"pathogen": "SARS-CoV-2-Genomic", "lead_text": "Samples are collected at wastewater treatment plants throughout the state, processed at a University of Illinois Chicago laboratory, then sequenced at Argonne National Laboratory to determine the variants of SARS-CoV-2 virus present. Numbers on the y-axis represent the relative abundance of SARS-CoV-2 lineages as a percentage. Dates on the x-axis represent sample collection dates. Date display options include data from the prior two years and data from the entire study time. A variant color legend is found below.", "details": "

Interpreting results

What are virus variant lineages? Do different variants cause different disease?

A viral variant is a version of a virus that has genetic differences (mutations) from the reference strain of that virus. Because viruses mutate over time, new variants are always emerging. New viral variants can lead to different lineages or subtypes of viruses.

Mutation: A change in the genetic information introduced during viral replication.

Variant: A genome that contains a particular set of mutations.

Lineage: A collection of variants related to each other based on genomic analysis.

Variant analysis is of interest to doctors, public health officials, and community members alike because different variants of a virus may produce more or less severe disease over time.

How are viral lineages determined?

Wastewater undergoes genomic sequencing at Argonne National Laboratory where bioinformaticians (data scientists) use the sequence data to determine the variants of SARS-CoV-2 virus present in the samples. Individuals are typically only infected with one variant of SARS-CoV-2 at a time and shed only that variant. The view seen here represents all variants present in the community at the given point in time.

Our sequencing strategy utilizes the entire genome of SARS-CoV-2 to identify mutations that are found in distinct variants of the virus. Full genome coverage provides better resolution for distinguishing variants, especially those that are very similar to each other. Variant names and lineage relationships are determined by the World Health Organization (WHO).

What is the sequencing plot showing?

This plot displays the relative abundance, or proportion, of lineages found in a wastewater sample collected during a particular collection week. This plot was generated after comparing sample sequences to a SARS-CoV-2 reference genome and identifying characteristic mutations associated with different variants. The percentage of each variant present in the sample is then calculated and displayed.

What do the results mean?

The SARS-CoV-2 variants identified in a particular plant’s wastewater can provide insight into the variants circulating in the population that the plant serves. Wastewater disease surveillance is uniquely advantageous because it passively captures all of the virus shed in wastewater from the community where the wastewater was collected, not just the virus that is found in symptomatic individuals who seek health care and are tested in laboratories. Wastewater data is not interpreted in isolation but rather is considered alongside other public health metrics to fully understand the ecology and effects of a virus in a particular community.

Limitations of the Data

The ability to sequence SARS-CoV-2 depends significantly on the amount of the virus present within the sample. The higher the concentration, the more accurate and complete the sequencing is. If there is not much virus present in the wastewater at the time of sampling, sequencing results become less reliable. Further, the detection of variants is limited by the reference database. If a specific variant has not yet been identified by the wider health community, we will not be able to display it until it has been formally named and defined.

Methodology

Wastewater samples are collected from plants across the state of Illinois once or twice a week and are shipped overnight to a laboratory at the University of Illinois Chicago. At the lab, wastewater samples are concentrated and undergo nucleic acid (genomic material) extraction and further preparation for sequencing. Around 60 samples are sequenced each week, and over 4,200 having been sequenced since December 2021. After sequencing, a bioinformatic workflow is employed that characterizes the relative abundance of SARS-CoV-2 variants in each sample.

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Four Rivers Sanitation Authority